«…ET QUAND LE MÉDICAMENT EST TON ALIMENT !» suite 1

Article aliment-et-developpement.com -  Juin  2020

A - « « Méthodologie possible pour définir l’efficacité de la chloroquine ou dérivés avec ou sans antibiotique sur le Covid-19. » 

Les arguments pour l’utilisation de la chloroquine ou dérivés, dans le traitement de la maladie due au Covid-19, ne manquent pas dans l’histoire plus ou moins récente de ces molécules. Même de plus « mince » peut retenir l’attention et demander réponse.

Ainsi, l’on sait qu’en Afrique, pour des maux de tête-fièvre, on entendait souvent dire : « j’ai le palu ».  L’un de ces produits antipaludéens (Figure 1), la chloroquine et la quinine ou leurs dérivés  (nivaquine, flavoquine… quiniforme, quinimax) était systématiquement administré. 

Figure 1 - Antipaludéens 

Comment peut-on savoir que l’on a le paludisme, quand dans la plupart des cas l’examen de la goutte épaisse n’est pas fait ? il se peut bien qu’il s’agit d’une forme de grippe, surtout quand l’affection a lieu en saison « froide » où souffle l'harmattan,( région sahel en novembre/février). Aussi, s’il est légitime de prendre l’affection pour du paludisme (période à la sortie de l’hivernage), il n’est pas exclu qu’il s’agit également d’une forme de grippe dont l’agent serait sensible à ces produits antipaludéens, la chloroquine ou la quinine et dérivés, tout comme au paludisme… Il n’est pas exclu que d’autres pathologies virales  que la grippe (hépatites, fièvre jaune, chikungunya…) à leur début aient été prises pour du paludisme et traitées comme tel… Les personnes en ont-elles été guéries ?                                                                Par ailleurs, dans cette zone, il y a eu apparemment régression des maladies bactériennes endémiques et même parasitaires autres que le "palu"   depuis les années soixante, avec le retour des combattants de la Seconde guerre, de l'Algérie et de l'Indochine. Ceux-ci avaient-ils une dotation en ces molécules ou se faisaient-ils des réserves personnels... c'est à voir ! Ces régressions seraient-elles dues  aussi à l'avènement de ces molécules  ?  On ne le sait pas ou pas assez. Quoi qu’il en soit, chercheurs et soignants ayant prôné ces molécules pour le traitement du Covid-19 ne peuvent l’avoir fait qu’ayant des arguments  plausibles (c’est la moindre confiance que l’on doit à la crédibilité du système de formation soignants et chercheurs). Dans ce cas, l’urgence des besoins peut dicter l’utilisation de ces molécules en attendant la validation des résultats des recherches. Dans tous les cas, l’obtention de résultats (souhaités ou attendus ou non) doit suivre le schéma de l’acquisition des connaissances[1] ci-dessous (Figure.2).

Figure 2 – Schéma d’acquisition des connaissances d’un système

La R&D, c’est aussi de ne pas perdre de vue la grande question du transfert de l’information entre un «émetteur ou destinateur» et un « récepteur ou destinataire».  Force est de souligner la difficulté du choix des mots dans la démarche d’acquisition des connaissances. De nombreux mots sont synonymes, donc peuvent être utilisés indifféremment, comme l’on peut le constater avec ces trois séries de synonymes : 

• Méthode, méthodologie, procédé, processus, procédure, traitement, démarche, conduite…
• Système, catégorie, ensemble, groupe, lot, panel, cluster, échantillon, sujet, patient,  type, clone …
• Essais, protocole, plan, expérimentation ou expérience, tests…

La démarche d’acquisition des connaissances peut comporter plusieurs étapes et même plusieurs rounds, donnant des résultats spécifiques à chaque étape et round.  Tout doit être nommé pour s’y retrouver. Dans ce cas, le mot ne définit plus le contexte, mais c’est le contexte qui définit le mot.

I - Des mots et des contextes

Dans cet exposé, à défaut du mot standard connu pour désigner un contexte, un synonyme n’ayant pas déjà été attribué lui sera assigné.

 

I.1 – La méthode

                                                                                                          L’acquisition des connaissances en sciences est conduite selon la méthode cartésienne. Elle est universelle, applicable à tous les domaines de la connaissance.    Pour un sujet donné, une ou plusieurs méthodologies sont mises en œuvre à la découverte de la vérité : « ne recevoir jamais aucune chose pour vraie que je ne la connusse évidemment être telle ». [2] Toutes les méthodologies mises en œuvre pour un sujet et un objectif donnés conduisent au(x) même(s) connaissances recherchées (La méthode l’exige). Et de nos jours, le développement de l’informatique dans le traitement des données, des statistiques, notamment les statistiques comparatives et principalement les analyses factorielles et multifactorielles permettent de le dire. Lorsque ce n’est pas le cas, les méthodologies doivent être revues.

I.2 - Méthodologies en vue dans le traitement du Covid-19

Dans cette réflexion, le terme méthodologie renvoie à l’utilisation d’un traitement pour produire des données et des résultats (guérir en occurrence). À ce jour, depuis le 17 mars 2020, plusieurs méthodologies sont mises en œuvre dans la recherche d’un meilleur traitement et dans l’acquisition de connaissance sur le Covid-19. On note respectivement les suivantes : I - Chloroquine ou dérivés,  II - Chloroquine ou dérivés + antibiotique,  III - Molécules antivirales,  IV – Interférons,  V - Cortisone ou dérivés, VI - Cellules souches, VII – La recherche de vaccins.   La méthodologie est appliquée à un système d’étude.   

 I.2.1 Système d’étude

Les éléments faisant l’objet de l’étude, patients ou non, constituent le système. Le  choix des systèmes à étudier dépend des questions posées pour atteindre les résultats expectés, avec à l’appui des arguments rationnels (observation et résultats expérimentaux basiques) ou de foi [3] et diverses informations scientifiques (bibliographie) dont dispose l’étude. 

L’ensemble des questions sur un système est désigné par la lettre Q suivie d’une voyelle en indice, les questions par la lettre Q suivie d’un nombre entier.

La méthodologie I (Chloroquine ou dérivés) et la méthodologie II (Chloroquine ou dérivés avec  antibiotique)[4] peuvent avoir pour systèmes d’étude a, b, c et des ensembles de questions Q_a ,  Q_b, Q_c pour des ensembles de réponses R_a, R_b, R_c par exemple :

• Système d’étude a portant sur le traitement préventif ou prophylactique et l'ensemble de questions Q_a pour l'ensemble de réponses R_a(Figure.3) .

 a₁ Porteurs confinés ne présentant pas encore de symptômes

o   Q1 Présenteront-ils des symptômes ?

o Q2 Au bout de combien de temps de traitement ?

                            a₂ Non porteurs confinés depuis 14 jrs

o   Q3 - Sont –ils devenus porteurs ?

o   Q4 - Présentent-ils des symptômes ? 

o   Q5 - Développeront-ils la maladie ?

o Q6 - Au bout de combien de temps de traitement ?

                   a₃ Non porteurs de la population, ou des travailleurs, n’ayant pas été confinés  les 14  derniers jours.

o   Q7 - Deviendront –ils porteurs ?

o   Q8 - Présenteront-ils des symptômes ou pas ?   

o   Q9 - Développeront-ils la maladie ?

o   Q10 -  Au bout de combien de temps de traitement ?

Figure 3 : Système d’étude a - traitement préventif ou prophylactique

• Système d’étude b portant sur le traitement des symptômes et ensemble de questions Qb (Fig.4)

         b₁  Porteurs  confinés

o   Q11 absence d’évolution jusqu’au stade de la maladie et porteur. s’agissait-il d’un porteur sain au début du confinement, à la constitution de système ?

o   Q12 absence d’évolution jusqu’au stade de la maladie et porteur à la sortie  du confinement. y a-t-il eu contamination ou contagion (source) ?

o   Q13 absence d’évolution, pas de  maladie et non porteur. Efficacité du traitement ? ou guérison spontanée ? au bout de combien de temps ?

      b₂ Personnes n’ayant pas été confinées

o   Q14 Vont-elles développer la maladie ?

o   Q15 au bout de combien de temps ?

o   Q16 absence d’évolution jusqu’au stade de la maladie et non porteur ?

     b₃ Non porteurs ayant des symptômes et confinés

o   Q17 Vont-elles développer la maladie ?

o  Q18 au bout de combien de temps et quels sont les causes  ?

Figure 4 : Système d’étude b - traitement des symptômes

• Système d’étude c portant sur le traitement de la maladie confirmée et  installée et ensemble de questions Qc (Fig.5)

                                                   c₁ Malades uniquement du Covid -19

o   Q19 Guérison totale au bout de combien de temps ?

o   Q20 Séquelles ? sources ? 

c₂ Malades du Covid-19 + autre maladie chronique connue:

o   Q21 Effets sur l’évolution des maladies ?

o   Q22 Influence des unes et des autres  ?

Figure 5 : Système d’étude c - traitement de la maladie confirmée et installée 

Dans notre exemple, la constitution d’un système d’étude est faite tous les 14 jours (les périodes) pour une durée indéterminée, tant que durera l’expérimentation. Quatorze (14) jours seraient la moyenne de la durée d'incubation de la maladie. 

La première période commence avec le début du confinement. Ces systèmes a, b et c forment un ensemble d’étude ou une catégorie d’étude.

I.2.2 Catégories d’études 

Est catégorie, plusieurs systèmes d’études, de l’investigation d’une même équipe et ayant été constituée à une  même période et dans les mêmes conditions,  le confinement en l’occurrence. 

Les systèmes d’études peuvent différés d’une catégorie à une autre. Les catégories d’études peuvent être classées comme suit : 

• Catégorie A - Plusieurs systèmes d’études de l’investigation d’une même équipe et ayant été constituée à partir d’une période donnée. Exemple, la catégorie de systèmes a, b et c précédemment cités, celle qui sera considérée dans cet exposé.
•  Catégories B,C,D… homologues de A - La catégorie A, pour être crédible, ses résultats doivent être comparés à ceux d’autres catégories de même nature, dites catégories homologues expérimentées par d’autres équipes locales, régionales, nationales ou mondiales avec les mêmes constitutions de systèmes (échantillonnage global ou échantillonnage discriminant), les mêmes protocoles expérimentaux.
•  Catégories X (X_a,… X_n) - Plusieurs équipes peuvent adopter des systèmes d’études différents de la catégorie A et /ou différentes entre eux et respectant le schéma de l'acquisition des connaissances.

I.2.3 Échantillon  

 Chaque élément, entité, du système est un échantillon. S’agissant de santé humaine on parle de sujet et patient. Le terme échantillon étant réservé aux produits et matériel biologiques ou pharmaceutiques. Les sujets sont des :   

• Non porteurs présentant des symptômes 
• Porteurs présentant des symptômes                       
• Porteurs ne présentant pas de symptômes 
• Porteurs malades du covid19
•  Porteurs malades du covid19 et autres pathologies                                                              

• Non porteurs non malades
• Non porteurs et malades d'autres maladies

I.2.4 Panel

La constitution du système d’étude ou l’échantillonnage est quantitative et/ou qualitative. L’échantillonnage peut être discriminant lorsqu'il prend en compte des critères  individuels comme l’âge, le sexe, les classes sociales, les origines géographiques... sinon il est global, sans distinction.  

I.2.5 Lot                                                                                               Des échantillons (sujets) de même(s) spécificité(s) ou destinés à diverses études constituent un lot. Dans un échantillonnage discriminatif, le système d’étude est constitué d’un ou de plusieurs lots d’échantillons (de sujets) spécifiques (l’âge, le sexe, les classes sociales ou les origines géographiques...). 

I.2.6 Cluster                                                                          

Dans la spécificité d’un lot, un cluster serait un lot constitué d’échantillons (de sujets) susceptibles d’apporter quelque réponse sélective (échantillonnage discriminatif) ou ayant apporté par l’analyse des résultats quelque réponse sélective (échantillonnage global).

I.2.7 Type  

Un lot type serait alors un lot constitué d’échantillons (de sujets) susceptibles d’apporter quelque réponse élective (échantillonnage discriminatif) ou ayant apporté par l’analyse des résultats quelque réponse élective (échantillonnage global).

I.2.8 Clone                                                                                       

Un lot type qu’il soit de l’échantillonnage global ou discriminant peut conduire à la mise en évidence de clones dans la recherche concernant : la pathogénicité, le traitement (posologie), les origines du virus (naturelles, manipulation génétique, géographique)...

Selon ces contextes ci-définis, un panel serait composé de : de lot(s) et/ou de cluster(s) et/ou de type(s) et/ou de clone(s)

II – La méthodologie                                       

Les étapes de la démarche spécifient comment mener à bien l’expérimentation pour produire des données et les transformer en résultats conduisant à un traitement approprié et/ ou en résultats de recherche et développement. Cette démarche est liée au mode d’échantillonnage (Figure 6 et 7).

Dans l’échantillonnage global, lots, clusters, types et clones sont déterminés par l’analyse des données. Ils constituent le « Panel analytique » dont la vocation est essentiellement l’appui au traitement de la maladie.  Ce panel analytique peut aussi permettra la constitution d’un panel expérimental si un 2^nd round de l’étude est nécessaire. Ce second échantillonnage peut être discriminant (Figure 6). 

Figure 6 – Démarche  selon l'échantillonnage global

Dans l’échantillonnage discriminant on distingue deux groupes  dans un round d'étude (Figure 7) :

      . lots, clusters, types et clones sont expressément constituants de systèmes, ils sont sujets d’expérimentation (Panel 1 ou panel expérimental).

    . lots, clusters, types et clones déterminés par l’analyse des données (Panel 2 ou panel analytique). Ce groupe peut avoir deux vocations :

o Appuis de la R&D à l’efficacité de la méthodologie (par exemple, fournir aux soignants des informations nouvelles).

o    Formation d’un panel 3 constitué de groupe de sujets pour un second round d'expérimentation.

Figure 7 : Démarche  selon l’échantillonnage discriminant

Dans les deux cas d’échantillonnage, c’est l’exploitation analytique des données et des résultats expérimentaux qui dira la nécessité, dans l’immédiat, d’un second round d’expérimentation.

II.1 Confinement / déconfinement

Le confinement, repère fixe, peut s'avérer d'une grande importance  dans le choix de systèmes et de méthodologies d’étude et lorsqu’il s’agirait de comparer des méthodologies.  Par les conférences-débats des plateaux de  la TV, on se permet de constater que le confinement pourrait être une bonne assise de la R&D sur le Covid-19 et d'importance capitale. Sa durée, sa conduite et sa périodicité sont d’un grand intérêt pour la R&D. On compare ce qui est comparable et la périodicité en est un des facteurs de la fiabilité de la méthodologie que représente la répétabilité et la reproductibilité.

On n’oublie pas l’économie dont l’étude de l’impact du Covid-19. Elle requiert une méthodologie et ses systèmes d’études pourraient-être définis en fonction de la périodicité confinement/déconfinement. Toute entreprise ou institution peut organiser pour son personnel et les familles, en accompagnement des mesures de l’État, sa périodicité  en confinement/déconfinement.  Autrement dit, sur l’assise de la période présente de confinement, toute entreprise peut rebâtir son activité avec la gestion de sa propre période de confinement/déconfinement.

Quant au social il a toute sa place dans l’efficacité de tout traitement et le confinement/déconfinement est sujet à ressources.

II.2 Constitution de systèmes d’étude

Le confinement/déconfinement a de nombreux avantages dans l’établissement de périodicité et le suivi des systèmes d’études dans leur ensemble (Figure 8). Le confinement jusqu’au 11 mai peut donner lieu à plusieurs périodes de constitution de systèmes d’études, 4 ou 5 de 14 jours par exemple, représentés par le diagramme suivant :

II.3 Expérimentation

Les investigations menées aux différentes étapes de la démarche de la méthodologie sont clinique, biologique, technico-physico-chimique, psychologique… économique. Pour cette méthodologie I ou II, les principales investigations pourraient être :

II.3.1 Les essais cliniques

Le traitement aux produits cités, la chloroquine et dérivés ou chloroquine et dérivés + Antibiotique, sujet principal de ces essais peut porter sur :

• Diagnostic
• Divers soins
• Préparations aux divers examens, au traitement…
• La posologie (ce  talon d’Achille dans la validation des méthodologies) [5], l’observation générale du sujet, la tolérance au traitement, la promptitude à la rémission
• Autres

II.3.2 Les analyses des produits biologiques

L’examen du sang et de tous ses composants (tissus, cellules, plaquettes, sérum, plasma et tous ce qu’ils peuvent contenir) et autres fluides (sérosité, mucus…), la microbiologie, l’hématologie, l’immunologie, la biochimie, la chimie, la parasitologie permettent :

• d’évaluer la présence du virus chez un sujet par diverses techniques : la détection de l’ADN viral par la PCR, l’évaluation de la charge virale par culture virale de lymphocytes ou par virémie (concentration d’ARN dans le plasma);
•  d’évaluer la présence d’anticorps spécifiques  (concentration dans le sérum);
• d’évaluer la posologie (dosages du produit de traitement et résidus) dans le sang et les urines;
•  Autres examens de perspective ou de prospective pour la R&D concernant la pathologie et le traitement.

II.3.1 Les examens technico-physico-chimiques

La pathologie pouvant toucher les tissus organiques, des examens comme la radiographie, l’IRM, le Scanner, l’échographie permettent le diagnostic, le suivi du traitement et la surveillance de rémission…La conduite des investigations met en œuvre des protocoles pour obtenir des données sur l’agent, la maladie et son traitement.

II.4 Le protocole

Le protocole est l’organisation de l’expérimentation,  le processus pour obtenir des données fiables dans les meilleures conditions et les meilleurs délais. C’est un agencement cohérent et subtil de l’ensemble des moyens dont dispose, le clinique (soignant), le laboratoire (personnel, matière et matériel didactiques, techniques et technologies…). Quelle que soit la méthodologie, l’expérimentation, le protocole choisi pour obtenir des données doit obéir au principe fondamental d’acquisition de connaissance (Figure 1). Il doit être répétable et reproductible.

 II.4.1 Les données

Les données sont les mesures quantitatives et qualitatives répétables et reproductibles obtenues par diverses mesures de l’expérimentation et selon des protocoles obéissants au principe fondamental d’acquisition de connaissance.

De l’ensemble des données, l’équipe que forme le personnel clinique, biologie et technico-physico-chimique déterminera celles donnant un résultat global. Celui-ci occur au moins d’une efficacité voulue et attendue de la méthodologie, du traitement, ce sont : la concordance des données par rapport aux facteurs définis de la guérison, les réponses aux questions Q_X de l’établissement des systèmes (a, b ou c)

II.4.2 Le résultat

Les résultats sont l’objectif plus au moins atteint de la démarche expérimentale, en tout cas suffisant à ce moment-là, pour l’efficacité évaluée du traitement. Ils peuvent être appelés résultats expérimentaux. En effet, dans le cadre de la R&D les analyses de toutes les données des mesures expérimentales et de ces résultats généreront d’autres résultats attendus ou non par la R&D. Ceux-ci peuvent être appelés résultats analytiques. Ce sont les lots, clusters, types, clones issus de l’analyses des données ou panel analytique. Qu’il s’agisse de l’échantillonnage global ou discriminant, ce panel aura deux vocations concernant la  méthodologie en place (Figures 6 et 7) : 

• Appuis de la R&D à l’efficacité de la méthodologie (par exemple, fournir aux soignants des informations nouvelles). 
• Formation d’un panel constitué d’un ou de plusieurs caractères spécifiques, sélectifs ou électifs déterminés par l’analyses des données pour d’autres expérimentations.

 II.4.3 La méthodologie et R&D

L’efficacité évaluée du traitement est le fruit du travail de toute une équipe :    soignants, biologistes, techno-physico-chimistes, psychologues… et bien   entendu le panel n’est pas en reste, on l'oublie souvent ! le résultat valide la méthodologie d’un   point de vue scientifique. Ainsi la méthodologie, répétable et reproductible, et mieux, de bonne répétabilité et reproductibilité dans toutes ses investigations, entre dans la recherche et développement (R&D). Son exploitation peut conduire à de nouvelles connaissances dans tout domaine de la connaissance.

Suite

[2] Descartes, René (1596-1650), LA MÉTHODE, Encyclopédie Microsoft® Encarta® 2003.

[3] De nombreuses molécules pour la médecine, de la pharmacie moderne, dont la quinine, sont de l'apport  des hommes de religions ou  des hommes de foi en l’homme (ne serait-ce que cela) :  ethnologues.  anthropologues, explorateurs ou géographes... 

[4] La méthodologie I - Chloroquine ou dérivés et la méthodologie II Chloroquine ou dérivés + antibiotique sont considérées ensemble dans cet exposé sous le terme « La méthodologie I ou II ». Elles ont été mises en œuvre simultanément par la même équipe. Aussi, les protocoles seraient sensiblement les mêmes en dehors des posologies.

[5] la mythologie grecque raconte que le talon était la seule partie vulnérable du corps d'Achille, l'un des célèbres  personnage de la guerre de Troie. Célébrons l'amitié et sa fidélité... mais ni Achille ni Pâris !